La gruta fue descubierta por el sr. Miguel Manzano Lobato, de manera accidental. Durante la temporada de lluvia (jul-dic) un arroyo mantenía en perfecto movimiento la maquinaria de la fábrica de aguardiente de su propiedad; el problema era la temporada de sequía, durante la cual el nivel del agua bajaba considerablemente. Al quedarse prácticamente sin agua, él decidió buscar el venero. Siguió el cauce del arroyo y encontró el túnel por el cual salía el agua del interior del monte, y ése fue su primer obstáculo porque era un pasaje muy estrecho. Él se encargó de ampliarlo y avanzó lentamente, hasta que se encontró con un segundo obstáculo: una cascada de siete metros de altura. Logró subir la cascada y continuó avanzando: el 19 de marzo de 1919 descubre la bóveda principal.
Para abrir una entrada más accesible a la gruta, el sr. Manzano trató de unir dos cuevas; en su intento quedó atrapado durante 3 días, hasta que sus trabajadores lograron rescatarlo. Se recuperó del accidente y continuó su objetivo, y fue hasta 1923 cuando abre la entrada turística. Miguel Manzano bautizó la gruta con el nombre de Karmidas, en memoria de un hijo suyo que falleció a temprana edad y a quien quizo mucho.
Escuche el relato de don Francisco Zamítiz, de 96 años de edad, originario de Zapotitlán de Méndez, quien durante su infancia ayudó a Miguel Manzano en el descubrimiento de las grutas.